Namun menurut Drs M Dwi Cahyono, arkeolog dari Universitas Negeri Malang yang melakukan studi bedug di Jawa bersama tim Sampoerna Hijau, pada masa prasejarah, nenek moyang kita juga sudah mengenal nekara dan moko, sejenis genderang dari perunggu. Pemakaiannya berhubungan dengan religi minta hujan.
Kata Bedug juga sudah disinggung dalam kidung Malat, sebuah karya sastra berbentuk kidung. Susastra kidung berisi cerita-cerita panji. Umunya ditulis pada zaman Mahapahit, dari kurun waktu abad ke 14-16 Masehi. Dalam Kidung Malat dijelaskan, instrumen musik membrafaon bedug dibedakan antara bedug besar yang diberi nama teg-teg dengan bedug ukuran biasa.
Bedug pada masa itu berfungsi sebagai alat komunikasi dan penanda waktu seperti perang, bencana alam, atau hal mendesak lainnya. Dibunyikan pula untuk menandai tibanya waktu. Maka ada istilah dalam bahasa Jawa: wis wanci keteg. Artinya ”sudah waktu siang” yang diambil dari waktu saat tegteg dibunyikan.
Cornelis De Houtman dalam catatan perjalanannya D’eerste Boek menjadi saksi keberadaan bedug yang sudah meluas pada abad ke-16. Ketika komandan ekspedisi Belanda itu tiba di Banten, ia menggambarkan di setiap perempatan jalan terdapat genderang yang digantung dan dibunyikan memakai tongkat pemukul yang ditempatkan di sebelahnya. Fungsinya sebagai tanda bahaya dan penanda waktu. Kesaksian ini jelas menunjuk pada bedug.
Kendati demikian, pengaruh Cina pun tidak dinafikan. Ditilik dari sisi konstruksi, teknik pemasangan tali/pasak untuk merekatkan selaput getar ke resonator pada bedug Jawa, mirip pada cara yang digunakan pada bedug di Asia Timur seperti Jepang, Cina, atau Korea. Bukti lain terlihat pada penampilan arca terakota yang ditemukan di situs Trowulan. Arca-arca prajurit berwajah Mongoloid itu tampak menabuh tabang-tabang, sejenis genderang yang terpengaruh budaya timur tengah. Kemungkinannya itulah instrumen musik yang dimainkan orang-orang Cina Muslim di ibukota Majapahit.
Menariknya, tabang-tabang sebenarnya merupakan instrumen musik yang sudah ada sejak masa Hindu-Budha. Di dalamnya ada pengaruh kuat dari India dan budaya Semit beragama Islam. Namun diperkenalkan dan dimainkan oleh masyarakat Cina Muslim.
Jadi, bedug bisa dikatakan contoh perwujudan akulturasi budaya waditra (instrumen musik membrafon, di mana secara fisiografis terjadi perpaduan antara waditra membrafon etnik Nusantara dengan wadistra sejenis dari luar seperti India, Cina, dan Timur Tengah.
Pada Muktamar NU ke-11 di Banjarmasin Kalimanatan Selatan 1936 kembali mengukuhkan penggunaan Beduk dan kentongan, bahwa pemakaian kedua alat tersebut di masjid-masjid sangat diperlukan untuk memperbesar syiar Islam. Dengan adanya keputusan itu serangan Islam modernis bisa dieliminir, dan tradisi pemakaian beduk terus dipertahankan.
Pada masa orde baru ketika organisasi NU mulai ditekan sementara Islam modernis mulai mendapat tempat, maka ”debedukisasi” dilakukan, sehingga banyak beduk-beduk bersejarah yang hilang dan sebagian besar digudangkan. Kemudian dikembangkan program speakerisasi, sehingga hampir tiap masjid yang sudah dihilangkan beduknya diganti dengan memasang speaker di menara atau di kubah. Hanya dilingkungan masjid Nu dan kelompok Islam bermazhab seperti Perti, Al Washliyah, Mathlaul Anwar dan sebagainya, atau mesjid yang belum diambil oleh kelompok Islam modernis tetap memakai beduk. Hal itu menadji petanda masjid yang dikelola oleh Islam bermazhab dengan Islam modernis yang tidak bermazhab.